Wyglądało na to, że nagle, z jakiejś tajemniczej przyczyny, cała załoga podjęła wspólnie decyzję, żeby wyskoczyć za burtę.
Ponieważ jedzenie było jeszcze dobre, a przedmioty metalowe nie zardzewiały pod wpływem morskiego powietrza, owo niezwykłe wydarzenie musiało nastąpić stosunkowo niedawno. Kapitan ,,Dei Gratia” zaczął podejrzewać, że na statku mógł wybuchnąć bunt. Ale jeżeli nawet jego podejrzenia były słuszne, to jak wytłumaczyć zniknięcie załogi? Łódź ratunkowa „Mary Celeste” wisiała na swoim miejscu, w jaki zatem sposób załoga zbiegła ze statku? Czyżby wyskoczyli wszyscy za burtę, czy może zabrał ich przepływający obok statek? Kapitan i oficer „Dei Gratia” wykryli pewne poszlaki, które, jak sądzili, wskazywały na dramatyczny przebieg wydarzeń. W jednej z kajut znaleźli nóż, który, jak się zdawało, był splamiony krwią. Podobne plamy znaleźli na prawym nadburciu. Jednak później, w czasie oficjalnego śledztwa, nie potwierdzono tego przypuszczenia i wręcz je obalono. Odnaleziono na statku dziennik pokładowy. Ostatni zapis pochodził z dwudziestego czwartego listopada. Zrobiono go zatem dziesięć dni wcześniej i jak z niego wynikało, „Mary Celeste” przepływała wówczas obok Wyspy Świętej Marii na Azorach. „Dei Gratia” natrafiła na statek, gdy ten znajdował się już czterysta mil dalej.