Gdy wybuchła I wojna światowa, ojciec Koźmiński docenił zło, jakim ona jest. Z drugiej strony w wyniszczaniu się wzajemnym zaborców upatrywał działanie Opatrzności, mogące przynieść Polsce wyzwolenie. Dostrzegał też oczyszczającą moralnie rolę zbrojnych walk. Do współbraci zaś pisał, że „Bóg ogląda się na nas i od nas oczekuje głównego ratunku dla kraju, a nawet dla całego świata”.
Wiarę w odzyskanie wolności przez Polskę Koźmiński podtrzymywał wokół siebie przez dziesiątki lat. Już powstańcom styczniowym, kierowanym na śmierć lub katorgę, mówił: „Pamiętajcie, że jesteście ofiarami, po których przyjdzie miłosierdzie Boże dla kraju”. Pracować duchowo dla odzyskania wolności miały ukryte zgromadzenia zakonne. Tworząc je kapucyn pisał: „Błysnęła więc nadzieja, że wśród tego prześladowania te właśnie dusze staną się godnymi owocami, dla których Bóg nie tylko przebaczy krajowi, ale powróci przez nie obserwację zakonną a za nią pierwotną gorliwość wiernych i wolność polityczną”.